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建武二年（公元26年）正月，长安城的赤眉军再也无粮食可以抢掠，而那些豪强贵族们，要么私藏粮食，要么举家搬迁，赤眉军只能放弃长安。然而，长安虽然变得一贫如洗，其间的琼楼玉宇却没有多少损坏，为了不给邓禹等人留下任何财物，临出城之前，樊崇下令纵火焚烧长安城，将长安城里的皇宫殿宇全部焚毁。可怜昔日繁华富庶的长安城，如今皆化作一片火海，成就满目的败墙和瓦砾。

其实，早在数月之前，刘秀就获取了洛阳。相比于邓禹而言，刘秀在很多方面都是邓禹不能企及的，特别是刘秀在登基称帝之后，其全局性的战略眼光就逐渐显露出来。定都洛阳，亦成为他精明过人的体现，他从王莽和更始帝的下场中得到教训，认为在内战时期应避开长安。此外，定都洛阳，更有他的政治军事上的全局考量，洛阳可以更方便地从大平原的关键经济区得到供应。在以后几年，刘秀稳步而有信心地把他的领地向四面八方扩大。

当面对天下另一个数一数二的重镇，前朝都城长安之时，刘秀却没有丝毫办法，他不可能兵分两头。那边有他最为亲信的邓禹在负责，只可惜邓禹在攻打长安赤眉之时，犯了糊涂，坐失良机。

终于，邓禹所谓的机会来了，可等他到达长安，才发现其实自己一无所得，就连前朝皇帝皇后的陵寝，都遭到赤眉军的无情挖掘。他甚至听闻，赤眉军将吕太后的尸体挖出，众人见其依旧光彩照人，遂兽性大发，对其非礼。邓禹当即大怒，后悔不已，而军中士气也跌落到出战以来的最低谷，为了鼓舞日益低落的士气，邓禹将汉军驻扎在汉武帝时为了演练水军而修建的昆明池边，同时设宴慰劳全军将士。不久，邓禹又选择良辰吉日，按照礼仪到汉高祖的寝庙前祭奠，对赤眉军挖掘过的诸陵进行了清理，将死人尸骨重新入殓安葬。并且将散乱在各处的西汉诸位皇帝的神主牌位收集起来，派人护送到洛阳。此外，邓禹还设置了守陵官数名，派兵防守，防止再次遭到盗窃和挖掘。最后，他还将更始帝刘玄的尸体改葬于霸陵。

邓禹完成了收复长安的重任，但却没有达到刘秀的预期效果。

其实，在赤眉军逃离长安之后，天下已经初定，但是刘秀依然不能就此放松，他需要面对的，还有边陲之地的诸多分裂势力。自更始政权败亡之后，函谷关以西，邓禹的西征军、樊崇的赤眉军、隗嚣的陇西军、刘玄的更始军残部、公孙述的巴蜀军、窦融的河西军，便以长安三辅为中心，展开了一轮又一轮的血战。特别是公孙述、隗嚣、窦融三人，要么控制着河西之地，要么坐拥川蜀富庶之地，当年高祖斩白蛇起义，就是从川蜀发迹，一步步鲸吞天下。因此在地理位置上看，公孙述、隗嚣、窦融三人都具备问鼎天下的实力。

反观这三位枭雄，对刘秀争夺天下最具威胁的，就是公孙述。

公孙述字子阳，关中三辅之一的右扶风茂陵人。他精明干练，能力超群。可谓才德兼备。除此之外，其父亲在西汉之时，也是一方高官，家族教育之下，使得公孙述也精通为官之道，治理吏事民政，井井有条。据传，天水太守听说公孙述是一个能员干吏，对其极为赏识，将其任命为县令，管辖陇县、街泉、阿阳、成纪、望垣等五个县。后来，公孙述又在王莽手下任川蜀之地一个郡的郡守，并逐步取得当地豪强与民众的支持，将踞在成都的宗成等人的部队打得大败，同时，在更始二年（公元24年）派柱功侯李宝、益州刺史张忠，率领军队万余人翻越秦岭，攻取招降蜀郡、汉中郡。

从此，公孙述便一直积蓄实力，并于更始二年（公元24年）自称蜀王。到了第二年六月，公孙述终于公开与刘氏正统为敌，登基称帝。此时此刻，他所辖的领地绵延数千里，从西面与西藏交界的地带到东面长江三峡以下，从北面的秦岭山脉到南面的长江。自古蜀道难，难于上青天，只要控制了进入蜀中的几条要道，就能够坐拥富饶无比的成都，继而虎视中原，夺取天下。但公孙述并没有在中原各地处于胶着状态之时，出兵蜀中，因为他考虑到，自己只控制了全国百分之七的总人口，不得以之下，只能暂时选择袖手旁观，可惜最终失去了夺取天下的最好时机。